- _ -

• __3median() : Sort.h
• __insertionSort() : Sort.h
• __quickSort() : Sort.h
• __selectionSort1() : Sort.h
• __selectionSort2() : Sort.h

- a -

• addBoundaryNodesType1() : OctFunctions.C
• addBoundaryNodesType2() : OctFunctions.C
• addOctantToTreeNodePointer() : TreeNodePointer.C
• addProlongMatVec() : ProlongMatVec.C
• addRestrictMatVec() : RestrictMatVec.C
• addSecondRing() : odaPartition.C
• appendCompleteRegion() : Construct.C
• appendOctantsAtLevel() : TreeNodePointer.C
• areComparable() : OctFunctions.C
• assignBoundaryFlags() : odaUtils.C

- b -

• balanceBlocks() : Balance.C
• balanceOctree() : Balance.C
• BinarySearch() : seqUtils.h
• binLength() : binUtils.C
• binToDec() : binUtils.C
• bitonicSort() : parUtils.h
• bitonicSort_binary() : parUtils.h
• blockPartStage1() : BlockPart.C
• blockPartStage1_p2o() : BlockPart.C
• blockPartStage2() : BlockPart.C
• blockPartStage2_p2o() : BlockPart.C
• bPartComparator() : OctFunctions.C

- c -

• CalcConstCoef() : omgNeumann_ex1.C
• CalculateCenters() : omgNeumann.C
• CalcVarCoef() : omgNeumann_ex3.C, omgNeumann_ex2.C, omgNeumann_2spheres.C
• CalcVarRHS() : omgNeumann_ex3.C, omgNeumann_ex2.C, omgNeumann_ex1.C, omgNeumann_2spheres.C
• coarsenOctree() : Coarsen.C
• comboRipple() : Balance.C
• completeOctree() : Construct.C
• completeSubtree() : Construct.C
• ComputeConsistentRandomRHS() : omgJac.h
• ComputeConstVecMass() : vecMass.C, vecMass.h
• ComputeDirichletJacobian() : omgJac.C, omgJac.h
• ComputeDirichletLaplacian() : omgJac.C, omgJac.h
• ComputeElasticityMat() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• ComputeElasticityRHS() : elasticityRhs.C, elasticityJac.h
• ComputeError5() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeFBM2_RHS() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeFBM2_RHS_Part1() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeFBM2_RHS_Part2() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeFBM_RHS() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeFBM_RHS_Part1() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeFBM_RHS_Part2() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeFBM_RHS_Part3() : omgRhs.C, omgJac.h
• computeInvBlockDiagEntriesForElasticityMat() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• ComputeJacobian1() : omgJac.C, odaJac.C, omgJac.h, odaJac.h
• ComputeJacobian2() : omgNeumann.C, omgJac.C, omgJac.h
• ComputeJacobian3() : omgJac.C, omgJac.h
• ComputeRandomRHS() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS0() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS1() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS2() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS3() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS4() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS5() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS6() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS7() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS8() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS9() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS_omgNeumann() : omgNeumann.C
• ComputeSol() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeTestFBM_RHS() : omgRhs.C, omgJac.h
• concatenate() : parUtils.h
• ConstVecMassMatDestroy() : vecMass.C, vecMass.h
• ConstVecMassMatGetDiagonal() : vecMass.C, vecMass.h
• ConstVecMassMatMult() : vecMass.C, vecMass.h
• convertLinearToPointer() : TreeNodePointer.C
• convertPointerToLinear() : TreeNodePointer.C
• CreateActiveJacobian1() : odaJac.C, odaJac.h
• CreateAndComputeFullActiveJacobian1() : omgJac.C, odaJac.C, omgJac.h, odaJac.h
• CreateAndComputeFullJacobian1() : omgJac.C, odaJac.C, omgJac.h, odaJac.h
• CreateAndComputeMassMatrix() : omgJac.C, odaJac.C, omgJac.h, odaJac.h
• CreateConstVecMass() : vecMass.C, vecMass.h
• CreateDirichletJacobian() : omgJac.C, omgJac.h
• CreateDirichletLaplacian() : omgJac.C, omgJac.h
• CreateElasticityMat() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• createGDmatType2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createGDmatType2_Type1() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createGDmatType2_Type2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createGDmatType2_Type3() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createInterpolationType1() : omg.C
• createInterpolationType2() : omg.C
• CreateJacobian1() : omgJac.C, odaJac.C, omgJac.h, odaJac.h
• CreateJacobian2() : omgNeumann.C, omgJac.C, omgJac.h
• CreateJacobian3() : omgJac.C, omgJac.h
• createLmatType1() : handleType1Stencils.C, handleStencils.h
• createLmatType1_Type1() : handleType1Stencils.C, handleStencils.h
• createLmatType1_Type2() : handleType1Stencils.C, handleStencils.h
• createLmatType1_Type3() : handleType1Stencils.C, handleStencils.h
• createLmatType2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createLmatType2_Type1() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createLmatType2_Type2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createLmatType2_Type3() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createMmatType1() : handleType1Stencils.C, handleStencils.h
• createMmatType1_Type1() : handleType1Stencils.C, handleStencils.h
• createMmatType1_Type2() : handleType1Stencils.C, handleStencils.h
• createMmatType1_Type3() : handleType1Stencils.C, handleStencils.h
• createMmatType2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createMmatType2_Type1() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createMmatType2_Type2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createMmatType2_Type3() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createRegularOctree() : OctFunctions.C
• createRHSType2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createRHSType2_Type1() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createRHSType2_Type2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createRHSType2_Type3() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createShapeFnCoeffs_Type1() : odaUtils.C
• createShapeFnCoeffs_Type2() : odaUtils.C
• createShapeFnCoeffs_Type3() : odaUtils.C
• createShFnMat() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createShFnMat_Type1() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createShFnMat_Type2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createShFnMat_Type3() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• CreateTmpDirichletJacobian() : omgJac.C, omgJac.h
• CreateTmpDirichletLaplacian() : omgJac.C, omgJac.h

- d -

• DA_blockPartStage2() : odaPartition.C
• DA_blockPartStage3() : odaPartition.C
• DA_Finalize() : odaUtils.C
• DA_Initialize() : odaUtils.C
• DAMG_Finalize() : omg.C
• DAMG_Initialize() : omg.C
• DAMG_InitPrivateType1() : omg.C
• DAMG_InitPrivateType2() : omg.C
• DAMG_InitPrivateType3() : omg.C
• DAMGCreateAndSetDA() : omg.C
• DAMGCreateJMatrix() : omg.h, omg.C
• DAMGCreateSuppressedDOFs() : omg.C
• DAMGDestroy() : omg.C
• DAMGInitialGuessCurrent() : omg.C
• DAMGSetInitialGuess() : omg.C
• DAMGSetKSP() : omg.h, omg.C
• DAMGSetNullSpace() : omg.h, omg.C
• DAMGSetUp() : omg.C
• DAMGSetUpLevel() : omg.C
• DAMGSolve() : omg.C
• DAMGSolveKSP() : omg.C
• defaultWeight() : parUtils.h
• deleteTreeNodePointer() : TreeNodePointer.C
• DestroyDirichletJacContexts() : omgJac.C, omgJac.h
• DestroyElasticityContexts() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• destroyGDmatType2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• destroyLmatType1() : handleType1Stencils.C, handleStencils.h
• destroyLmatType2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• destroyMmatType1() : handleType1Stencils.C, handleStencils.h
• destroyMmatType2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• destroyRHSType2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• destroyRmatType1Stencil() : RmatType1StencilsAux.C
• destroyRmatType2Stencil() : RmatType2StencilsAux.C
• destroyShFnMat() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• DestroyUserContexts() : omgNeumann.C, matProp.C, omgJac.h
• destroyVtxMaps() : VtxMaps.C
• DirichletJacobianMatDestroy() : omgJac.C, omgJac.h
• DirichletJacobianMatGetDiagonal() : omgJac.C, omgJac.h
• DirichletJacobianMatMult() : omgJac.C, omgJac.h
• DirichletJacobianShellMatMult() : omgJac.C, omgJac.h
• DirichletLaplacianMatDestroy() : omgJac.C, omgJac.h
• DirichletLaplacianMatGetDiagonal() : omgJac.C, omgJac.h
• DirichletLaplacianMatMult() : omgJac.C, omgJac.h
• DirichletLaplacianShellMatMult() : omgJac.C, omgJac.h
• discardExtraBoundaryOctants() : OctFunctions.C
• dummyRestrictMatVecType1() : RestrictMatVec.C

- e -

• ElasticityMatDestroy() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• ElasticityMatGetDiagonal() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• ElasticityMatMult() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• ElasticityShellMatMult() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• EnforceZeroFBM() : omgRhs.C, omgJac.h
• EnforceZeroFBM2() : omgRhs.C, omgJac.h

- f -

• fastLog2() : binUtils.C
• finalMergeInBal() : Balance.C
• findOctantOrFinestAncestor() : TreeNodePointer.C
• flagNodesType1() : OctFunctions.C
• flagNodesType2() : OctFunctions.C
• flagNodesType3() : OctFunctions.C
• flashsort() : seqUtils.h

- g -

• gaussian() : testElasMatVec.C, testConBalAndCoarsen.C, testConAndBal.C, newElasSolver.C, newElasMesh.C
• getActiveStateAndActiveCommForKSP_Shell_DirichletJac() : omgJac.C, omgJac.h
• getActiveStateAndActiveCommForKSP_Shell_Elas() : elasticityJac.C
• getActiveStateAndActiveCommForKSP_Shell_Jac1() : omgJac.C, omgJac.h
• getActiveStateAndActiveCommForKSP_Shell_Jac2or3() : omgNeumann.C, omgJac.C, omgJac.h
• getDofAndNodeSizeForElasticityMat() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• getElemType() : odaUtils.h
• getGlobalMaxLevel() : odaUtils.C
• getGlobalMinLevel() : odaUtils.C
• getNCA() : OctFunctions.C
• getNextHighestPowerOfTwo() : binUtils.C
• getNodeWeight() : OctFunctions.C
• getPrevHighestPowerOfTwo() : binUtils.C
• getPrivateMatricesForKSP_Shell_DirichletJac() : omgJac.C, omgJac.h
• getPrivateMatricesForKSP_Shell_Elas() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• getPrivateMatricesForKSP_Shell_Jac1() : omgJac.C, omgJac.h
• getPrivateMatricesForKSP_Shell_Jac2() : omgNeumann.C, omgJac.C, omgNeumann.h, omgJac.h
• getPrivateMatricesForKSP_Shell_Jac3() : omgJac.C, omgJac.h
• getSortOrder() : odaUtils.C
• getTouchConfig() : odaUtils.C

- i -

• includeSiblingsOfBoundary() : odaUtils.C
• InitializeData() : octLaplacian.C
• injectNodalVector() : oda.txx
• int2char() : OctFunctions.C
• int2str() : OctFunctions.C
• interpolateData() : odaUtils.C
• IreadRmatType1Stencil() : RmatType1StencilsAux.C
• IreadRmatType2Stencil() : RmatType2StencilsAux.C
• IreadVtxMaps() : VtxMaps.C
• isBalanced() : testUtils.C
• isBalancedInternal() : testUtils.C
• isComplete() : testUtils.C
• isLinear() : testUtils.C
• isPowerOfTwo() : binUtils.C
• isRegularGrid() : odaUtils.C
• isSorted() : testUtils.h
• isUniqueAndSorted() : testUtils.h

- j -

• Jacobian1MatDestroy() : odaJac.C, odaJac.h
• Jacobian1MatGetDiagonal() : odaJac.C, odaJac.h
• Jacobian1MatMult() : odaJac.C, odaJac.h
• Jacobian1ShellMatMult() : odaJac.C, odaJac.h
• Jacobian2MatDestroy() : omgNeumann.C, omgJac.C, omgJac.h
• Jacobian2MatGetDiagonal() : omgNeumann.C, omgJac.C, omgJac.h
• Jacobian2MatMult() : omgNeumann.C, omgJac.C, omgJac.h
• Jacobian2ShellMatMult() : omgNeumann.C, omgJac.C, omgJac.h
• Jacobian3MatDestroy() : omgJac.C, omgJac.h
• Jacobian3MatGetDiagonal() : omgJac.C, omgJac.h
• Jacobian3MatMult() : omgJac.C, omgJac.h
• Jacobian3ShellMatMult() : omgJac.C, omgJac.h

- l -

• LaplacianMatMult() : octLaplacian.C
• lessThanUsingWts() : OctFunctions.C
• lineariseList() : OctFunctions.C

- m -

• main() : tstRipple.C, tstRegularMg.C, tstMg.C, tstMatVec.C, tstFBM2.C, tstFBM.C, tstDirichlet.C, testShFn.C, testElasMatVec.C, testConBalAndCoarsen.C, testConAndBal.C, seqRipplePtr.C, seqRipple.C, runScal.C, rippleBal.C, pts2Mesh.C, omgNeumann_ex3.C, omgNeumann_ex2.C, omgNeumann_ex1.C, omgNeumann_2spheres.C, octLaplacian.C, newElasSolver.C, newElasMesh.C, justCoarsen.C, justBal.C, elasticitySolver.C, dumpMesh.C, downSample.C, createCoarser.C, checkError.C, buildRgDA.C, buildDA.C, tstPushBack.C, tryVec.C, testPetscInt.C, testNodeAndVals.C, compareNlFiles.C, compareMFiles.C, checkScatterValues.C, checkResults.C, checkCoarsening.C
• makeVectorUnique() : seqUtils.h
• markBoundaryNodesAtAllLevels() : OctFunctions.C
• markHangingNodesAtAllLevels() : OctFunctions.C
• MassMatDestroy() : odaJac.C, odaJac.h
• MassMatGetDiagonal() : odaJac.C, odaJac.h
• MassMatMult() : odaJac.C, odaJac.h
• maxLowerBound() : seqUtils.h, parUtils.h
• mergeComboBalAndPickBoundary() : Balance.C
• MergeLists() : parUtils.h
• mergeOctrees() : OctFunctions.C
• mergeRecvKeysInBal() : Balance.C
• MergeSplit() : parUtils.h
• Mpi_Allgather() : parUtils.h
• Mpi_Allgatherv() : parUtils.h
• Mpi_Allreduce() : parUtils.h
• Mpi_Alltoall() : parUtils.h
• Mpi_Alltoallv_dense() : parUtils.h
• Mpi_Alltoallv_sparse() : parUtils.h
• Mpi_Bcast() : parUtils.h
• Mpi_Gather() : parUtils.h
• Mpi_Irecv() : parUtils.h
• Mpi_Issend() : parUtils.h
• Mpi_Recv() : parUtils.h
• Mpi_Reduce() : parUtils.h
• Mpi_Scan() : parUtils.h
• Mpi_Sendrecv() : parUtils.h

- o -

• operator<<() : compareNlFiles.C, compareMFiles.C, TreeNode.C

- p -

• p2oLocal() : Construct.C
• Par_bitonic_merge_incr() : parUtils.h
• Par_bitonic_sort_decr() : parUtils.h
• Par_bitonic_sort_incr() : parUtils.h
• parallelRippleType1() : Balance.C
• parallelRippleType2() : Balance.C
• parallelRippleType3() : Balance.C
• partitionW() : parUtils.h
• PC_KSP_Shell_Apply() : omg.C
• PC_KSP_Shell_Destroy() : omg.C
• PC_KSP_Shell_SetUp() : omg.C
• PCApply_BlockDiag() : blockDiag.C
• PCCreate_BlockDiag() : blockDiag.C
• PCDestroy_BlockDiag() : blockDiag.C
• PCSetFromOptions_BlockDiag() : blockDiag.C
• PCSetUp_BlockDiag() : blockDiag.C
• pickGhostCandidates() : odaPartition.C
• pickInterProcessorBoundaryNodes() : pickBdy.C
• pointerBasedRipple() : Balance.C
• points2Octree() : Construct.C
• points2OctreeSeq() : Construct.C
• prepareAprioriCommMessagesInDAtype1() : odaUtils.C
• prepareAprioriCommMessagesInDAtype2() : odaUtils.C
• prepareBalComm1MessagesType1() : Balance.C
• prepareBalComm1MessagesType2() : Balance.C
• prepareBalComm2Messages() : Balance.C
• prepareWlistInBal() : Balance.C
• PrintDAMG() : omg.C
• prolongMatVecType1() : ProlongMatVec.C
• prolongMatVecType2() : ProlongMatVec.C

- r -

• readDataPtsFromFile() : OctFunctions.C
• readNodesFromFile() : OctFunctions.C
• readPtsFromFile() : OctFunctions.C
• readRmatType1Stencil() : RmatType1StencilsAux.C
• readRmatType2Stencil() : RmatType2StencilsAux.C
• readVtxMaps() : VtxMaps.C
• refineAndPartitionOctree() : OctFunctions.C
• refineOctree() : OctFunctions.C
• RegisterEvents() : sys.C
• regularGrid2Octree() : Construct.C
• removeDuplicates() : parUtils.h
• restrictMatVecType1() : RestrictMatVec.C
• restrictMatVecType2() : RestrictMatVec.C
• ripple() : Balance.C
• rpMatDestroy() : omg.C

- s -

• sampleSort() : parUtils.h
• scatterValues() : parUtils.h, omg.C
• selectNeighboringBlocks() : Balance.C
• SetCoarseToFineFromPts() : matProp.C, omgJac.h
• SetDirichletJacContexts() : omgJac.C, omgJac.h
• SetElasticityContexts() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• SetPDECoefFromPts() : omgNeumann.C
• SetSolution5() : omgRhs.C, omgJac.h
• SetSolutionFBM() : omgRhs.C, omgJac.h
• SetSolutionFBM2() : omgRhs.C, omgJac.h
• SetUserContexts() : matProp.C, omgJac.h
• SetUserContextsCoarsestToFinest() : matProp.C, omgJac.h
• SetUserContextsFromPts() : matProp.C, omgJac.h
• simpleCoarsen() : Coarsen.C
• solve_neumann() : omgNeumann.C, omgNeumann.h
• solve_neumann_oct() : omgNeumann.C, omgNeumann.h
• sort() : Sort.h
• sortCmp() : Sort.h
• sortSwap() : Sort.h
• splitComm2way() : parUtils.C
• splitCommBinary() : parUtils.C
• splitCommBinaryNoFlip() : parUtils.C
• splitCommUsingSplittingRank() : parUtils.C

- t -

• TestError5() : omgRhs.C, omgJac.h
• TmpDirichletJacobianMatMult() : omgJac.C, omgJac.h
• TmpDirichletLaplacianMatMult() : omgJac.C, omgJac.h
• toBin() : binUtils.C

- u -

• UpperBound() : seqUtils.h

- w -

• writeDataPtsToFile() : OctFunctions.C
• writeNodesToFile() : OctFunctions.C
• writePartitionVTK() : odaUtils.C
• writePtsToFile() : OctFunctions.C

---