Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- _ -

• __3median() : Sort.h
• __FUNCT__ : octLaplacian.C, feVector.txx, feMatrix.txx, sys.C
• __insertionSort() : Sort.h
• __quickSort() : Sort.h
• __selectionSort1() : Sort.h
• __selectionSort2() : Sort.h
• _COMBO_RIPPLE_FACTOR_ : octUtils.h
• _internal_ierr : odaJac.h

- a -

• addBoundaryNodesType1() : OctFunctions.C
• addBoundaryNodesType2() : OctFunctions.C
• addOctantToTreeNodePointer() : TreeNodePointer.C
• addProlongMatVec() : ProlongMatVec.C
• addRestrictMatVec() : RestrictMatVec.C
• addSecondRing() : odaPartition.C
• ALL : odaUtils.h
• appendCompleteRegion() : Construct.C
• appendOctantsAtLevel() : TreeNodePointer.C
• areComparable() : OctFunctions.C
• ASSIGN_MAT_PROP_1_CUBE_ELEM_BLOCK : matProp.C
• ASSIGN_MAT_PROP_ANALYTIC_FN_ELEM_BLOCK : matProp.C
• ASSIGN_MAT_PROP_CHECKER_BOARD_ELEM_BLOCK : matProp.C
• ASSIGN_MAT_PROP_COARSE_TO_FINE_ELEM_BLOCK : matProp.C
• ASSIGN_MAT_PROP_FINE_TO_COARSE_ELEM_BLOCK : omgNeumann.C, matProp.C
• ASSIGN_MAT_PROP_FROM_PTS_ELEM_BLOCK : matProp.C
• ASSIGN_MAT_PROP_MULTIPLE_CUBES_ELEM_BLOCK : matProp.C
• assignBoundaryFlags() : odaUtils.C

- b -

• balanceBlocks() : Balance.C
• balanceOctree() : Balance.C
• BinarySearch() : seqUtils.h
• binLength() : binUtils.C
• binToDec() : binUtils.C
• bitonicSort() : parUtils.h
• bitonicSort_binary() : parUtils.h
• blockPartStage1() : BlockPart.C
• blockPartStage1_p2o() : BlockPart.C
• blockPartStage2() : BlockPart.C
• blockPartStage2_p2o() : BlockPart.C
• BLU : colors.h
• bPartComparator() : OctFunctions.C
• BUILD_FULL_ELASTICITY_BLOCK : elasticityJac.C
• BUILD_FULL_ELASTICITY_ELEM_ADD_BLOCK : elasticityJac.C
• BUILD_FULL_ELASTICITY_ELEM_INSERT_BLOCK : elasticityJac.C
• BUILD_FULL_JAC_TYPE2_BLOCK : omgNeumann.C, omgJac.C
• BUILD_FULL_JAC_TYPE3_BLOCK : omgJac.C
• BUILD_FULL_VEC_MASS_BLOCK : vecMass.C

- c -

• c_x : omgNeumann_2spheres.C
• c_y : omgNeumann_2spheres.C
• c_z : omgNeumann_2spheres.C
• CalcConstCoef() : omgNeumann_ex1.C
• CalculateCenters() : omgNeumann.C
• CalcVarCoef() : omgNeumann_ex3.C, omgNeumann_ex2.C, omgNeumann_2spheres.C
• CalcVarRHS() : omgNeumann_ex3.C, omgNeumann_ex2.C, omgNeumann_ex1.C, omgNeumann_2spheres.C
• CHECK_FAST_MAX_LOWER_BOUND : odaBuildNlist.C
• CHK_AND_SCATTER_FINE_TO_COARSE_BLOCK : omgNeumann.C, matProp.C
• COARSE_TO_FINE_BLOCK : matProp.C
• coarsenOctree() : Coarsen.C
• comboRipple() : Balance.C
• completeOctree() : Construct.C
• completeSubtree() : Construct.C
• ComputeConsistentRandomRHS() : omgJac.h
• ComputeConstVecMass() : vecMass.C, vecMass.h
• ComputeDirichletJacobian() : omgJac.C, omgJac.h
• ComputeDirichletLaplacian() : omgJac.C, omgJac.h
• ComputeElasticityMat() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• ComputeElasticityRHS() : elasticityRhs.C, elasticityJac.h
• ComputeError5() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeFBM2_RHS() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeFBM2_RHS_Part1() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeFBM2_RHS_Part2() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeFBM_RHS() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeFBM_RHS_Part1() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeFBM_RHS_Part2() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeFBM_RHS_Part3() : omgRhs.C, omgJac.h
• computeInvBlockDiagEntriesForElasticityMat() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• computeInvBlockDiagEntriesForPC_BlockDiag : blockDiag.C
• ComputeJacobian1() : omgJac.C, odaJac.C, omgJac.h, odaJac.h
• ComputeJacobian2() : omgNeumann.C, omgJac.C, omgJac.h
• ComputeJacobian3() : omgJac.C, omgJac.h
• ComputeRandomRHS() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS0() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS1() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS2() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS3() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS4() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS5() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS6() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS7() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS8() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS9() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeRHS_omgNeumann() : omgNeumann.C
• ComputeSol() : omgRhs.C, omgJac.h
• ComputeTestFBM_RHS() : omgRhs.C, omgJac.h
• concatenate() : parUtils.h
• ConstVecMassMatDestroy() : vecMass.C, vecMass.h
• ConstVecMassMatGetDiagonal() : vecMass.C, vecMass.h
• ConstVecMassMatMult() : vecMass.C, vecMass.h
• convertLinearToPointer() : TreeNodePointer.C
• convertPointerToLinear() : TreeNodePointer.C
• CreateActiveJacobian1() : odaJac.C, odaJac.h
• CreateAndComputeFullActiveJacobian1() : omgJac.C, odaJac.C, omgJac.h, odaJac.h
• CreateAndComputeFullJacobian1() : omgJac.C, odaJac.C, omgJac.h, odaJac.h
• CreateAndComputeMassMatrix() : omgJac.C, odaJac.C, omgJac.h, odaJac.h
• CreateConstVecMass() : vecMass.C, vecMass.h
• CreateDirichletJacobian() : omgJac.C, omgJac.h
• CreateDirichletLaplacian() : omgJac.C, omgJac.h
• CreateElasticityMat() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• createGDmatType2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createGDmatType2_Type1() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createGDmatType2_Type2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createGDmatType2_Type3() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createInterpolationType1() : omg.C
• createInterpolationType2() : omg.C
• CreateJacobian1() : omgJac.C, odaJac.C, omgJac.h, odaJac.h
• CreateJacobian2() : omgNeumann.C, omgJac.C, omgJac.h
• CreateJacobian3() : omgJac.C, omgJac.h
• createLmatType1() : handleType1Stencils.C, handleStencils.h
• createLmatType1_Type1() : handleType1Stencils.C, handleStencils.h
• createLmatType1_Type2() : handleType1Stencils.C, handleStencils.h
• createLmatType1_Type3() : handleType1Stencils.C, handleStencils.h
• createLmatType2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createLmatType2_Type1() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createLmatType2_Type2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createLmatType2_Type3() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createMmatType1() : handleType1Stencils.C, handleStencils.h
• createMmatType1_Type1() : handleType1Stencils.C, handleStencils.h
• createMmatType1_Type2() : handleType1Stencils.C, handleStencils.h
• createMmatType1_Type3() : handleType1Stencils.C, handleStencils.h
• createMmatType2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createMmatType2_Type1() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createMmatType2_Type2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createMmatType2_Type3() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createRegularOctree() : OctFunctions.C
• createRHSType2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createRHSType2_Type1() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createRHSType2_Type2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createRHSType2_Type3() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createShapeFnCoeffs_Type1() : odaUtils.C
• createShapeFnCoeffs_Type2() : odaUtils.C
• createShapeFnCoeffs_Type3() : odaUtils.C
• createShFnMat() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createShFnMat_Type1() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createShFnMat_Type2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• createShFnMat_Type3() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• CreateTmpDirichletJacobian() : omgJac.C, omgJac.h
• CreateTmpDirichletLaplacian() : omgJac.C, omgJac.h
• CYN : colors.h

- d -

• DA_blockPartStage2() : odaPartition.C
• DA_blockPartStage3() : odaPartition.C
• DA_Finalize() : odaUtils.C
• DA_Initialize() : odaUtils.C
• DAMG : omg.h
• DAMG_Finalize() : omg.C
• DAMG_Initialize() : omg.C
• DAMG_InitPrivateType1() : omg.C
• DAMG_InitPrivateType2() : omg.C
• DAMG_InitPrivateType3() : omg.C
• DAMGCreateAndSetDA() : omg.C
• DAMGCreateJMatrix() : omg.h, omg.C
• DAMGCreateSuppressedDOFs() : omg.C
• DAMGDestroy() : omg.C
• DAMGGetB : omg.h
• DAMGGetComm : omg.h
• DAMGGetDA : omg.h
• DAMGGetDAMG : omg.h
• DAMGGetFine : omg.h
• DAMGGetJ : omg.h
• DAMGGetKSP : omg.h
• DAMGGetLevels : omg.h
• DAMGGetr : omg.h
• DAMGGetRHS : omg.h
• DAMGGetUser : omg.h
• DAMGGetx : omg.h
• DAMGInitialGuessCurrent() : omg.C
• DAMGSetInitialGuess() : omg.C
• DAMGSetKSP() : omg.h, omg.C
• DAMGSetNullSpace() : omg.h, omg.C
• DAMGSetUp() : omg.C
• DAMGSetUpLevel() : omg.C
• DAMGSetUser : omg.h
• DAMGSolve() : omg.C
• DAMGSolveKSP() : omg.C
• DEBUG_CHECK_FAST_MAX_LOWER_BOUND : odaBuildNlist.C
• defaultWeight() : parUtils.h
• deleteTreeNodePointer() : TreeNodePointer.C
• DendroIntL : dendro.h
• DendroIntLSpecifier : dendro.h
• DendroUIntLSpecifier : dendro.h
• DEP_ELEM : odaUtils.h
• DEPENDENT : odaUtils.h
• DestroyDirichletJacContexts() : omgJac.C, omgJac.h
• DestroyElasticityContexts() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• destroyGDmatType2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• destroyLmatType1() : handleType1Stencils.C, handleStencils.h
• destroyLmatType2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• destroyMmatType1() : handleType1Stencils.C, handleStencils.h
• destroyMmatType2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• destroyRHSType2() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• destroyRmatType1Stencil() : RmatType1StencilsAux.C
• destroyRmatType2Stencil() : RmatType2StencilsAux.C
• destroyShFnMat() : handleType2Stencils.C, handleStencils.h
• DestroyUserContexts() : omgNeumann.C, matProp.C, omgJac.h
• destroyVtxMaps() : VtxMaps.C
• DirichletJacobianMatDestroy() : omgJac.C, omgJac.h
• DirichletJacobianMatGetDiagonal() : omgJac.C, omgJac.h
• DirichletJacobianMatMult() : omgJac.C, omgJac.h
• DirichletJacobianShellMatMult() : omgJac.C, omgJac.h
• DirichletLaplacianMatDestroy() : omgJac.C, omgJac.h
• DirichletLaplacianMatGetDiagonal() : omgJac.C, omgJac.h
• DirichletLaplacianMatMult() : omgJac.C, omgJac.h
• DirichletLaplacianShellMatMult() : omgJac.C, omgJac.h
• discardExtraBoundaryOctants() : OctFunctions.C
• dummyRestrictMatVecType1() : RestrictMatVec.C

- e -

• ELASTICITY_DIAG_BLOCK : elasticityJac.C
• ELASTICITY_ELEM_DIAG_BLOCK : elasticityJac.C
• ELASTICITY_ELEM_MULT_BLOCK : elasticityJac.C
• ELASTICITY_MULT_BLOCK : elasticityJac.C
• ElasticityMatDestroy() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• ElasticityMatGetDiagonal() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• ElasticityMatMult() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• ElasticityShellMatMult() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• ElementFlagType : odaUtils.h
• EnforceZeroFBM() : omgRhs.C, omgJac.h
• EnforceZeroFBM2() : omgRhs.C, omgJac.h
• EVAL_FN : omgRhs.C

- f -

• fastLog2() : binUtils.C
• finalMergeInBal() : Balance.C
• findOctantOrFinestAncestor() : TreeNodePointer.C
• FINE_TO_COARSE_BLOCK : omgNeumann.C, matProp.C
• flagNodesType1() : OctFunctions.C
• flagNodesType2() : OctFunctions.C
• flagNodesType3() : OctFunctions.C
• flashsort() : seqUtils.h
• force_values : omgNeumann.C
• FOREIGN : odaUtils.h
• FROM_STORED : odaUtils.h

- g -

• gaussian() : testElasMatVec.C, testConBalAndCoarsen.C, testConAndBal.C, newElasSolver.C, newElasMesh.C
• GET_ETYPE_BLOCK : odaUtils.h
• getActiveStateAndActiveCommForKSP_Shell_DirichletJac() : omgJac.C, omgJac.h
• getActiveStateAndActiveCommForKSP_Shell_Elas() : elasticityJac.C
• getActiveStateAndActiveCommForKSP_Shell_Jac1() : omgJac.C, omgJac.h
• getActiveStateAndActiveCommForKSP_Shell_Jac2or3() : omgNeumann.C, omgJac.C, omgJac.h
• getDofAndNodeSizeForElasticityMat() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• getDofAndNodeSizeForPC_BlockDiag : blockDiag.C
• getElemType() : odaUtils.h
• getGlobalMaxLevel() : odaUtils.C
• getGlobalMinLevel() : odaUtils.C
• getNCA() : OctFunctions.C
• getNextHighestPowerOfTwo() : binUtils.C
• getNodeWeight() : OctFunctions.C
• getPrevHighestPowerOfTwo() : binUtils.C
• getPrivateMatricesForKSP_Shell : omg.C
• getPrivateMatricesForKSP_Shell_DirichletJac() : omgJac.C, omgJac.h
• getPrivateMatricesForKSP_Shell_Elas() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• getPrivateMatricesForKSP_Shell_Jac1() : omgJac.C, omgJac.h
• getPrivateMatricesForKSP_Shell_Jac2() : omgNeumann.C, omgJac.C, omgNeumann.h, omgJac.h
• getPrivateMatricesForKSP_Shell_Jac3() : omgJac.C, omgJac.h
• getSortOrder() : odaUtils.C
• getTouchConfig() : odaUtils.C
• GradDivType2Stencil : testElasMatVec.C, pts2Mesh.C, newElasSolver.C, newElasMesh.C, elasticitySolver.C, elasticityJac.C
• GRN : colors.h

- h -

• help : tstRegularMg.C, tstMg.C, tstFBM2.C, tstFBM.C, tstDirichlet.C, pts2Mesh.C, octLaplacian.C, newElasSolver.C, newElasMesh.C, elasticitySolver.C, downSample.C, createCoarser.C, checkError.C
• HS_MPIDATATYPE : dtypes.h

- i -

• iC : testElasMatVec.C, pts2Mesh.C, newElasSolver.C, newElasMesh.C, elasticitySolver.C, odaJac.h, oda.h, RestrictMatVec.C, ProlongMatVec.C, omg.C
• includeSiblingsOfBoundary() : odaUtils.C
• INDEPENDENT : odaUtils.h
• InitializeData() : octLaplacian.C
• injectNodalVector() : oda.txx
• inneR : omgNeumann_2spheres.C
• int2char() : OctFunctions.C
• int2str() : OctFunctions.C
• INTERGRID_TRANSFER_LOOP_BLOCK : RestrictMatVec.C, ProlongMatVec.C
• INTERGRID_TRANSFER_LOOP_BLOCK_DUMMY : RestrictMatVec.C
• INTERGRID_TRANSFER_LOOP_BLOCK_DUMMY_FINAL_A : RestrictMatVec.C
• INTERGRID_TRANSFER_LOOP_BLOCK_DUMMY_FINAL_W : RestrictMatVec.C
• interpolateData() : odaUtils.C
• IreadRmatType1Stencil() : RmatType1StencilsAux.C
• IreadRmatType2Stencil() : RmatType2StencilsAux.C
• IreadVtxMaps() : VtxMaps.C
• isBalanced() : testUtils.C
• isBalancedInternal() : testUtils.C
• isComplete() : testUtils.C
• isLinear() : testUtils.C
• isPowerOfTwo() : binUtils.C
• isRegularGrid() : odaUtils.C
• isSorted() : testUtils.h
• isUniqueAndSorted() : testUtils.h
• ITLB_DUMMY_FCTR_BLOCK1 : RestrictMatVec.C
• ITLB_DUMMY_FCTR_BLOCK2 : RestrictMatVec.C
• ITLB_DUMMY_FINAL_SET_VALUE : RestrictMatVec.C
• ITLB_SET_VALUE_NO_SUPPRESSED_DOFS : RestrictMatVec.C, ProlongMatVec.C
• ITLB_SET_VALUE_SUPPRESSED_DOFS : RestrictMatVec.C, ProlongMatVec.C

- j -

• JAC_TYPE2_DIAG_BLOCK : omgNeumann.C, omgJac.C
• JAC_TYPE2_ELEM_DIAG_BLOCK : omgNeumann.C, omgJac.C
• JAC_TYPE2_ELEM_MULT_BLOCK : omgNeumann.C, omgJac.C
• JAC_TYPE2_MULT_BLOCK : omgNeumann.C, omgJac.C
• JAC_TYPE2_MULT_DEBUG_BLOCK : omgJac.C
• JAC_TYPE3_DIAG_BLOCK : omgJac.C
• JAC_TYPE3_MULT_BLOCK : omgJac.C
• Jacobian1MatDestroy() : odaJac.C, odaJac.h
• Jacobian1MatGetDiagonal() : odaJac.C, odaJac.h
• Jacobian1MatMult() : odaJac.C, odaJac.h
• Jacobian1ShellMatMult() : odaJac.C, odaJac.h
• Jacobian2MatDestroy() : omgNeumann.C, omgJac.C, omgJac.h
• Jacobian2MatGetDiagonal() : omgNeumann.C, omgJac.C, omgJac.h
• Jacobian2MatMult() : omgNeumann.C, omgJac.C, omgJac.h
• Jacobian2ShellMatMult() : omgNeumann.C, omgJac.C, omgJac.h
• Jacobian3MatDestroy() : omgJac.C, omgJac.h
• Jacobian3MatGetDiagonal() : omgJac.C, omgJac.h
• Jacobian3MatMult() : omgJac.C, omgJac.h
• Jacobian3ShellMatMult() : omgJac.C, omgJac.h
• JACOBIAN_TYPE1_MULT_BLOCK : odaJac.C

- k -

• KEEP_HIGH : parUtils.h
• KEEP_LOW : parUtils.h

- l -

• LaplacianMatMult() : octLaplacian.C
• LaplacianType1Stencil : tstRegularMg.C, tstMg.C, tstFBM2.C, tstFBM.C, tstDirichlet.C, testElasMatVec.C, pts2Mesh.C, newElasSolver.C, newElasMesh.C, elasticitySolver.C, checkError.C, omgJac.C
• LaplacianType2Stencil : tstRegularMg.C, tstMg.C, tstMatVec.C, tstFBM2.C, tstFBM.C, tstDirichlet.C, testElasMatVec.C, pts2Mesh.C, newElasSolver.C, newElasMesh.C, elasticitySolver.C, checkError.C, omgNeumann.C, omgJac.C, odaJac.C, elasticityJac.C
• lessThanUsingWts() : OctFunctions.C
• lineariseList() : OctFunctions.C
• loopType : odaUtils.h

- m -

• MAG : colors.h
• main() : tstRipple.C, tstRegularMg.C, tstMg.C, tstMatVec.C, tstFBM2.C, tstFBM.C, tstDirichlet.C, testShFn.C, testElasMatVec.C, testConBalAndCoarsen.C, testConAndBal.C, seqRipplePtr.C, seqRipple.C, runScal.C, rippleBal.C, pts2Mesh.C, omgNeumann_ex3.C, omgNeumann_ex2.C, omgNeumann_ex1.C, omgNeumann_2spheres.C, octLaplacian.C, newElasSolver.C, newElasMesh.C, justCoarsen.C, justBal.C, elasticitySolver.C, dumpMesh.C, downSample.C, createCoarser.C, checkError.C, buildRgDA.C, buildDA.C, tstPushBack.C, tryVec.C, testPetscInt.C, testNodeAndVals.C, compareNlFiles.C, compareMFiles.C, checkScatterValues.C, checkResults.C, checkCoarsening.C
• makeVectorUnique() : seqUtils.h
• markBoundaryNodesAtAllLevels() : OctFunctions.C
• markHangingNodesAtAllLevels() : OctFunctions.C
• MASS_MULT_BLOCK : odaJac.C
• MassMatDestroy() : odaJac.C, odaJac.h
• MassMatGetDiagonal() : odaJac.C, odaJac.h
• MassMatMult() : odaJac.C, odaJac.h
• MassType1Stencil : tstRegularMg.C, tstMg.C, tstFBM2.C, tstFBM.C, tstDirichlet.C, testElasMatVec.C, pts2Mesh.C, newElasSolver.C, newElasMesh.C, elasticitySolver.C, checkError.C, omgJac.C
• MassType2Stencil : tstRegularMg.C, tstMg.C, tstMatVec.C, tstFBM2.C, tstFBM.C, tstDirichlet.C, testElasMatVec.C, pts2Mesh.C, newElasSolver.C, newElasMesh.C, elasticitySolver.C, checkError.C, vecMass.C, omgNeumann.C, omgJac.C, odaJac.C
• maxLowerBound() : seqUtils.h, parUtils.h
• mergeComboBalAndPickBoundary() : Balance.C
• MergeLists() : parUtils.h
• mergeOctrees() : OctFunctions.C
• mergeRecvKeysInBal() : Balance.C
• MergeSplit() : parUtils.h
• Mpi_Allgather() : parUtils.h
• Mpi_Allgatherv() : parUtils.h
• Mpi_Allreduce() : parUtils.h
• Mpi_Alltoall() : parUtils.h
• Mpi_Alltoallv_dense() : parUtils.h
• Mpi_Alltoallv_sparse() : parUtils.h
• Mpi_Bcast() : parUtils.h
• Mpi_Gather() : parUtils.h
• Mpi_Irecv() : parUtils.h
• Mpi_Issend() : parUtils.h
• Mpi_Recv() : parUtils.h
• Mpi_Reduce() : parUtils.h
• Mpi_Scan() : parUtils.h
• Mpi_Sendrecv() : parUtils.h

- n -

• NEG_SEARCH_BLOCK1 : odaBuildNlist.C
• NEG_SEARCH_BLOCK1X : odaBuildNlist.C
• NEG_SEARCH_BLOCK1Y : odaBuildNlist.C
• NEG_SEARCH_BLOCK1Z : odaBuildNlist.C
• NEG_SEARCH_BLOCK2 : odaBuildNlist.C
• NEG_SEARCH_BLOCK2X : odaBuildNlist.C
• NEG_SEARCH_BLOCK2Y : odaBuildNlist.C
• NEG_SEARCH_BLOCK2Z : odaBuildNlist.C
• NRM : colors.h

- o -

• operator<<() : compareNlFiles.C, compareMFiles.C, TreeNode.C
• outeR : omgNeumann_2spheres.C

- p -

• p2oLocal() : Construct.C
• Par_bitonic_merge_incr() : parUtils.h
• Par_bitonic_sort_decr() : parUtils.h
• Par_bitonic_sort_incr() : parUtils.h
• parallelRippleType1() : Balance.C
• parallelRippleType2() : Balance.C
• parallelRippleType3() : Balance.C
• partitionW() : parUtils.h
• PC_KSP_Shell_Apply() : omg.C
• PC_KSP_Shell_Destroy() : omg.C
• PC_KSP_Shell_SetUp() : omg.C
• PCApply_BlockDiag() : blockDiag.C
• PCCreate_BlockDiag() : blockDiag.C
• PCDestroy_BlockDiag() : blockDiag.C
• PCSetFromOptions_BlockDiag() : blockDiag.C
• PCSetUp_BlockDiag() : blockDiag.C
• penalty : omgNeumann_2spheres.C
• phi0 : testShFn.C
• phi1 : testShFn.C
• phi2 : testShFn.C
• phi3 : testShFn.C
• phi4 : testShFn.C
• phi5 : testShFn.C
• phi6 : testShFn.C
• phi7 : testShFn.C
• PICK_INTER_PROCESSOR_BOUNDARY_BLOCK : pickBdy.C
• PICK_IPBB_SET_TN_VALUE : pickBdy.C
• PICK_IPBB_SET_UI_VALUE : pickBdy.C
• pickGhostCandidates() : odaPartition.C
• pickInterProcessorBoundaryNodes() : pickBdy.C
• pointerBasedRipple() : Balance.C
• points2Octree() : Construct.C
• points2OctreeSeq() : Construct.C
• POS_SEARCH_BLOCK : odaBuildNlist.C
• POS_SEARCH_DEBUG_BLOCK1 : odaBuildNlist.C
• POS_SEARCH_DEBUG_BLOCK2 : odaBuildNlist.C
• POS_SEARCH_DEBUG_BLOCK3 : odaBuildNlist.C
• POS_SECONDARY_SEARCH_BLOCK : odaBuildNlist.C
• prepareAprioriCommMessagesInDAtype1() : odaUtils.C
• prepareAprioriCommMessagesInDAtype2() : odaUtils.C
• prepareBalComm1MessagesType1() : Balance.C
• prepareBalComm1MessagesType2() : Balance.C
• prepareBalComm2Messages() : Balance.C
• prepareWlistInBal() : Balance.C
• PrintDAMG() : omg.C
• PROF_A2AV_WAIT_BEGIN : parUtils.h
• PROF_A2AV_WAIT_END : parUtils.h
• PROF_ADD_BDY_BEGIN : octUtils.h
• PROF_ADD_BDY_END : octUtils.h
• PROF_ADD_BDY_SIBLINGS_BEGIN : odaUtils.h
• PROF_ADD_BDY_SIBLINGS_END : odaUtils.h
• PROF_BAL_BEGIN : octUtils.h
• PROF_BAL_BPART1_BEGIN : octUtils.h
• PROF_BAL_BPART1_END : octUtils.h
• PROF_BAL_BPART2_BEGIN : octUtils.h
• PROF_BAL_BPART2_END : octUtils.h
• PROF_BAL_COMM_BEGIN : octUtils.h
• PROF_BAL_COMM_END : octUtils.h
• PROF_BAL_END : octUtils.h
• PROF_BAL_SCATTER_BEGIN : octUtils.h
• PROF_BAL_SCATTER_END : octUtils.h
• PROF_BAL_SPLIT_COMM_BEGIN : octUtils.h
• PROF_BAL_SPLIT_COMM_END : octUtils.h
• PROF_BAL_SUBTREE_BEGIN : octUtils.h
• PROF_BAL_SUBTREE_END : octUtils.h
• PROF_BLKPART1_BEGIN : octUtils.h
• PROF_BLKPART1_END : octUtils.h
• PROF_BLKPART2_BEGIN : octUtils.h
• PROF_BLKPART2_END : octUtils.h
• PROF_BLKPART3_BEGIN : octUtils.h
• PROF_BLKPART3_END : octUtils.h
• PROF_BUILD_DA_BEGIN : oda.h
• PROF_BUILD_DA_END : oda.h
• PROF_BUILD_DA_STAGE1_BEGIN : oda.h
• PROF_BUILD_DA_STAGE1_END : oda.h
• PROF_BUILD_DA_STAGE2_BEGIN : oda.h
• PROF_BUILD_DA_STAGE2_END : oda.h
• PROF_BUILD_DA_STAGE3_BEGIN : oda.h
• PROF_BUILD_DA_STAGE3_END : oda.h
• PROF_BUILD_DA_STAGE4_BEGIN : oda.h
• PROF_BUILD_DA_STAGE4_END : oda.h
• PROF_BUILD_DA_STAGE5_BEGIN : oda.h
• PROF_BUILD_DA_STAGE5_END : oda.h
• PROF_BUILD_DA_STAGE6_BEGIN : oda.h
• PROF_BUILD_DA_STAGE6_END : oda.h
• PROF_BUILD_DA_STAGE7_BEGIN : oda.h
• PROF_BUILD_DA_STAGE7_END : oda.h
• PROF_BUILD_DA_STAGE8_BEGIN : oda.h
• PROF_BUILD_DA_STAGE8_END : oda.h
• PROF_BUILD_DA_STAGE9_BEGIN : oda.h
• PROF_BUILD_DA_STAGE9_END : oda.h
• PROF_BUILD_NLIST_BEGIN : oda.h
• PROF_BUILD_NLIST_COMM_BEGIN : oda.h
• PROF_BUILD_NLIST_COMM_END : oda.h
• PROF_BUILD_NLIST_END : oda.h
• PROF_COARSE_BEGIN : octUtils.h
• PROF_COARSE_END : octUtils.h
• PROF_COARSE_SEQ_BEGIN : octUtils.h
• PROF_COARSE_SEQ_END : octUtils.h
• PROF_COMBO_RIPPLE_BEGIN : octUtils.h
• PROF_COMBO_RIPPLE_END : octUtils.h
• PROF_COMPLETE_REGION_BEGIN : octUtils.h
• PROF_COMPLETE_REGION_END : octUtils.h
• PROF_COMPLETE_SUBTREE_BEGIN : octUtils.h
• PROF_COMPLETE_SUBTREE_END : octUtils.h
• PROF_CON_BAL_BEGIN : octUtils.h
• PROF_CON_BAL_END : octUtils.h
• PROF_DA_APRIORI_COMM_BEGIN : odaUtils.h
• PROF_DA_APRIORI_COMM_END : odaUtils.h
• PROF_DA_BPART1_BEGIN : odaUtils.h
• PROF_DA_BPART1_END : odaUtils.h
• PROF_DA_BPART2_BEGIN : odaUtils.h
• PROF_DA_BPART2_END : odaUtils.h
• PROF_DA_BPART3_BEGIN : odaUtils.h
• PROF_DA_BPART3_END : odaUtils.h
• PROF_DA_FINAL_BEGIN : odaUtils.h
• PROF_DA_FINAL_END : odaUtils.h
• PROF_DA_INIT_BEGIN : odaUtils.h
• PROF_DA_INIT_END : odaUtils.h
• PROF_FINAL_MERGE_IN_BAL_BEGIN : octUtils.h
• PROF_FINAL_MERGE_IN_BAL_END : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE10_BEGIN : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE10_END : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE11_BEGIN : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE11_END : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE1_BEGIN : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE1_END : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE2_BEGIN : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE2_END : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE3_BEGIN : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE3_END : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE4_BEGIN : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE4_END : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE5_BEGIN : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE5_END : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE6_BEGIN : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE6_END : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE7_BEGIN : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE7_END : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE8_BEGIN : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE8_END : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE9_BEGIN : octUtils.h
• PROF_FLN_STAGE9_END : octUtils.h
• PROF_MARK_HANGING_BEGIN : octUtils.h
• PROF_MARK_HANGING_END : octUtils.h
• PROF_MERGE_COMBO_BAL_BEGIN : octUtils.h
• PROF_MERGE_COMBO_BAL_END : octUtils.h
• PROF_MERGE_OCTREES_BEGIN : octUtils.h
• PROF_MERGE_OCTREES_END : octUtils.h
• PROF_MERGE_RECV_KEYS_BAL_BEGIN : octUtils.h
• PROF_MERGE_RECV_KEYS_BAL_END : octUtils.h
• PROF_MG_CREATE_RP1_BEGIN : omg.h
• PROF_MG_CREATE_RP1_END : omg.h
• PROF_MG_CREATE_RP2_BEGIN : omg.h
• PROF_MG_CREATE_RP2_END : omg.h
• PROF_MG_FINAL_BEGIN : omg.h
• PROF_MG_FINAL_END : omg.h
• PROF_MG_INIT_BEGIN : omg.h
• PROF_MG_INIT_END : omg.h
• PROF_MG_PROLONG_BEGIN : omg.h
• PROF_MG_PROLONG_END : omg.h
• PROF_MG_RESTRICT_BEGIN : omg.h
• PROF_MG_RESTRICT_DUMMY_BEGIN : omg.h
• PROF_MG_RESTRICT_DUMMY_END : omg.h
• PROF_MG_RESTRICT_END : omg.h
• PROF_MG_SCATTER_BEGIN : omg.h
• PROF_MG_SCATTER_END : omg.h
• PROF_MG_SET_DA_BEGIN : omg.h
• PROF_MG_SET_DA_END : omg.h
• PROF_MG_SET_KSP_BEGIN : omg.h
• PROF_MG_SET_KSP_END : omg.h
• PROF_MG_SETUP_BEGIN : omg.h
• PROF_MG_SETUP_END : omg.h
• PROF_N2O_BEGIN : octUtils.h
• PROF_N2O_END : octUtils.h
• PROF_N2O_SEQ_BEGIN : octUtils.h
• PROF_N2O_SEQ_END : octUtils.h
• PROF_P2O_BEGIN : octUtils.h
• PROF_P2O_END : octUtils.h
• PROF_P2O_LOCAL_BEGIN : octUtils.h
• PROF_P2O_LOCAL_END : octUtils.h
• PROF_P2O_SEQ_BEGIN : octUtils.h
• PROF_P2O_SEQ_END : octUtils.h
• PROF_PAR_ALL2ALL_BEGIN : parUtils.h
• PROF_PAR_ALL2ALL_END : parUtils.h
• PROF_PAR_ALL2ALLV_DENSE_BEGIN : parUtils.h
• PROF_PAR_ALL2ALLV_DENSE_END : parUtils.h
• PROF_PAR_ALL2ALLV_SPARSE_BEGIN : parUtils.h
• PROF_PAR_ALL2ALLV_SPARSE_END : parUtils.h
• PROF_PAR_ALLGATHER_BEGIN : parUtils.h
• PROF_PAR_ALLGATHER_END : parUtils.h
• PROF_PAR_ALLGATHERV_BEGIN : parUtils.h
• PROF_PAR_ALLGATHERV_END : parUtils.h
• PROF_PAR_ALLREDUCE_BEGIN : parUtils.h
• PROF_PAR_ALLREDUCE_END : parUtils.h
• PROF_PAR_BCAST_BEGIN : parUtils.h
• PROF_PAR_BCAST_END : parUtils.h
• PROF_PAR_CONCAT_BEGIN : parUtils.h
• PROF_PAR_CONCAT_END : parUtils.h
• PROF_PAR_GATHER_BEGIN : parUtils.h
• PROF_PAR_GATHER_END : parUtils.h
• PROF_PAR_REDUCE_BEGIN : parUtils.h
• PROF_PAR_REDUCE_END : parUtils.h
• PROF_PAR_RIPPLE_TYPE1_BEGIN : octUtils.h
• PROF_PAR_RIPPLE_TYPE1_END : octUtils.h
• PROF_PAR_RIPPLE_TYPE2_BEGIN : octUtils.h
• PROF_PAR_RIPPLE_TYPE2_END : octUtils.h
• PROF_PAR_RIPPLE_TYPE3_BEGIN : octUtils.h
• PROF_PAR_RIPPLE_TYPE3_END : octUtils.h
• PROF_PAR_SCAN_BEGIN : parUtils.h
• PROF_PAR_SCAN_END : parUtils.h
• PROF_PAR_SCATTER_BEGIN : parUtils.h
• PROF_PAR_SCATTER_END : parUtils.h
• PROF_PAR_SENDRECV_BEGIN : parUtils.h
• PROF_PAR_SENDRECV_END : parUtils.h
• PROF_PARTW_BEGIN : parUtils.h
• PROF_PARTW_END : parUtils.h
• PROF_PC_KSP_SHELL_APPLY_BEGIN : omg.h
• PROF_PC_KSP_SHELL_APPLY_END : omg.h
• PROF_PC_KSP_SHELL_DESTROY_BEGIN : omg.h
• PROF_PC_KSP_SHELL_DESTROY_END : omg.h
• PROF_PC_KSP_SHELL_SETUP_BEGIN : omg.h
• PROF_PC_KSP_SHELL_SETUP_END : omg.h
• PROF_PICK_BND_BEGIN : octUtils.h
• PROF_PICK_BND_END : octUtils.h
• PROF_PICK_GHOSTS_BEGIN : odaUtils.h
• PROF_PICK_GHOSTS_END : odaUtils.h
• PROF_PICK_NH_BLOCKS_BEGIN : octUtils.h
• PROF_PICK_NH_BLOCKS_END : octUtils.h
• PROF_PREP_BAL_COMM1_MSSG_BEGIN : octUtils.h
• PROF_PREP_BAL_COMM1_MSSG_END : octUtils.h
• PROF_PREP_BAL_COMM2_MSSG_BEGIN : octUtils.h
• PROF_PREP_BAL_COMM2_MSSG_END : octUtils.h
• PROF_PREP_BAL_WLIST_BEGIN : octUtils.h
• PROF_PREP_BAL_WLIST_END : octUtils.h
• PROF_PTR_RIPPLE_BAL_BEGIN : octUtils.h
• PROF_PTR_RIPPLE_BAL_END : octUtils.h
• PROF_READ_GHOST_ELEMS_BEGIN_BEGIN : oda.h
• PROF_READ_GHOST_ELEMS_BEGIN_END : oda.h
• PROF_READ_GHOST_ELEMS_END_BEGIN : oda.h
• PROF_READ_GHOST_ELEMS_END_END : oda.h
• PROF_READ_GHOST_NODES_BEGIN_BEGIN : oda.h
• PROF_READ_GHOST_NODES_BEGIN_END : oda.h
• PROF_READ_GHOST_NODES_END_BEGIN : oda.h
• PROF_READ_GHOST_NODES_END_END : oda.h
• PROF_REMDUP_BEGIN : parUtils.h
• PROF_REMDUP_END : parUtils.h
• PROF_RG2O_BEGIN : octUtils.h
• PROF_RG2O_END : octUtils.h
• PROF_RIPPLE_BAL_BEGIN : octUtils.h
• PROF_RIPPLE_BAL_END : octUtils.h
• PROF_SEARCH_BEGIN : parUtils.h
• PROF_SEARCH_END : parUtils.h
• PROF_SET_DA_STAGE1_BEGIN : omg.h
• PROF_SET_DA_STAGE1_END : omg.h
• PROF_SET_DA_STAGE2_BEGIN : omg.h
• PROF_SET_DA_STAGE2_END : omg.h
• PROF_SET_DA_STAGE3_BEGIN : omg.h
• PROF_SET_DA_STAGE3_END : omg.h
• PROF_SET_DA_STAGE4_BEGIN : omg.h
• PROF_SET_DA_STAGE4_END : omg.h
• PROF_SET_DA_STAGE5_BEGIN : omg.h
• PROF_SET_DA_STAGE5_END : omg.h
• PROF_SET_DA_STAGE6_BEGIN : omg.h
• PROF_SET_DA_STAGE6_END : omg.h
• PROF_SET_MAT_VALUES_BEGIN : oda.h
• PROF_SET_MAT_VALUES_END : oda.h
• PROF_SIMPLE_COARSE_BEGIN : octUtils.h
• PROF_SIMPLE_COARSE_END : octUtils.h
• PROF_SORT_BEGIN : parUtils.h
• PROF_SORT_END : parUtils.h
• PROF_SPLIT_COMM_2WAY_BEGIN : parUtils.h
• PROF_SPLIT_COMM_2WAY_END : parUtils.h
• PROF_SPLIT_COMM_BEGIN : parUtils.h
• PROF_SPLIT_COMM_END : parUtils.h
• PROF_WRITE_GHOST_ELEMS_BEGIN_BEGIN : oda.h
• PROF_WRITE_GHOST_ELEMS_BEGIN_END : oda.h
• PROF_WRITE_GHOST_ELEMS_END_BEGIN : oda.h
• PROF_WRITE_GHOST_ELEMS_END_END : oda.h
• PROF_WRITE_GHOST_NODES_BEGIN_BEGIN : oda.h
• PROF_WRITE_GHOST_NODES_BEGIN_END : oda.h
• PROF_WRITE_GHOST_NODES_END_BEGIN : oda.h
• PROF_WRITE_GHOST_NODES_END_END : oda.h
• prolongMatVecType1() : ProlongMatVec.C
• prolongMatVecType2() : ProlongMatVec.C

- r -

• readDataPtsFromFile() : OctFunctions.C
• readNodesFromFile() : OctFunctions.C
• readPtsFromFile() : OctFunctions.C
• readRmatType1Stencil() : RmatType1StencilsAux.C
• readRmatType2Stencil() : RmatType2StencilsAux.C
• readVtxMaps() : VtxMaps.C
• RED : colors.h
• refineAndPartitionOctree() : OctFunctions.C
• refineOctree() : OctFunctions.C
• RegisterEvents() : sys.C
• regularGrid2Octree() : Construct.C
• removeDuplicates() : parUtils.h
• RESET_DA_BLOCK : odaFactory.C
• restrictMatVecType1() : RestrictMatVec.C
• restrictMatVecType2() : RestrictMatVec.C
• RHSType2Stencil : omgNeumann.C
• ripple() : Balance.C
• RmatType1Stencil : omg.C
• RmatType2Stencil : omg.C
• rpMatDestroy() : omg.C

- s -

• sampleSort() : parUtils.h
• scatterValues() : parUtils.h, omg.C
• selectNeighboringBlocks() : Balance.C
• SET_SINGLE_LEVEL_MAT_PROP_BLOCK : matProp.C
• SetCoarseToFineFromPts() : matProp.C, omgJac.h
• SetDirichletJacContexts() : omgJac.C, omgJac.h
• SetElasticityContexts() : elasticityJac.C, elasticityJac.h
• SetPDECoefFromPts() : omgNeumann.C
• SetSolution5() : omgRhs.C, omgJac.h
• SetSolutionFBM() : omgRhs.C, omgJac.h
• SetSolutionFBM2() : omgRhs.C, omgJac.h
• SetUserContexts() : matProp.C, omgJac.h
• SetUserContextsCoarsestToFinest() : matProp.C, omgJac.h
• SetUserContextsFromPts() : matProp.C, omgJac.h
• ShapeFnCoeffs : odaUtils.C
• ShapeFnStencil : tstRegularMg.C, tstMg.C, tstFBM2.C, tstFBM.C, tstDirichlet.C, testElasMatVec.C, pts2Mesh.C, newElasSolver.C, newElasMesh.C, elasticitySolver.C, checkError.C, omgRhs.C
• simpleCoarsen() : Coarsen.C
• solve_neumann() : omgNeumann.C, omgNeumann.h
• solve_neumann_oct() : omgNeumann.C, omgNeumann.h
• sort() : Sort.h
• sortCmp() : Sort.h
• SortOrderType : odaUtils.h
• sortSwap() : Sort.h
• splitComm2way() : parUtils.C
• splitCommBinary() : parUtils.C
• splitCommBinaryNoFlip() : parUtils.C
• splitCommUsingSplittingRank() : parUtils.C
• SQUARE : matProp.C
• square : omgRhs.C

- t -

• TestError5() : omgRhs.C, omgJac.h
• TmpDirichletJacobianMatMult() : omgJac.C, omgJac.h
• TmpDirichletLaplacianMatMult() : omgJac.C, omgJac.h
• toBin() : binUtils.C

- u -

• UpperBound() : seqUtils.h

- v -

• VEC_MASS_DIAG_BLOCK : vecMass.C
• VEC_MASS_ELEM_DIAG_BLOCK : vecMass.C
• VEC_MASS_ELEM_MULT_BLOCK : vecMass.C
• VEC_MASS_MULT_BLOCK : vecMass.C
• VtxMap1 : omg.C
• VtxMap2 : omg.C
• VtxMap3 : omg.C
• VtxMap4 : omg.C

- w -

• w : omgNeumann_ex3.C, omgNeumann_ex2.C, omgNeumann_ex1.C, omgNeumann_2spheres.C
• W_DEPENDENT : odaUtils.h
• WRITABLE : odaUtils.h
• writeDataPtsToFile() : OctFunctions.C
• writeNodesToFile() : OctFunctions.C
• writePartitionVTK() : odaUtils.C
• writePtsToFile() : OctFunctions.C

- x -

• XYZ : odaUtils.h
• XZY : odaUtils.h

- y -

• YLW : colors.h
• YXZ : odaUtils.h
• YZX : odaUtils.h

- z -

• ZXY : odaUtils.h
• ZYX : odaUtils.h

---